2 de abril de 2020

Enfrentando a fera: Usando o GNU Health para ajudar na luta contra a pandemia do COVID-19

Nota sobre o texto que apresento abaixo:
Passo a partilhar a tradução para português deste excelente texto de Luis Falcon que chegou ao meu conhecimento no dia 31 de Março.

Reflexão: Há quantos anos andamos a perder autonomia, dinheiro, recursos humanos e técnicos com esta política de “submissão” às corporações detentoras de software proprietário que nos têm arruinado e posto em causa a independência da nossa comunidade.
É nesta altura de grave crise pandémica que todos os cidadãos e responsáveis políticos devem decidir romper com o status e pensar a sério no nosso futuro.


 

Introdução

O mundo está a enfrentar uma das maiores crises sanitárias, económicas e sociais. Uma estrutura minúscula de 50 nanómetros de diâmetro está ajoelhando as economias mais poderosas do mundo, e centenas de milhares estão tragicamente sucumbindo ao COVID-19.
Este artigo é um convite aos governos para que adotem o GNU Health e Libre Software para benefício do seu sistema público de saúde no contexto da pandemia de COVID-19.
Para aqueles que já usam o GNU Health, considerem este artigo como um tipo de diretriz para otimizar a sua implementação e uso diário. Embora se concentre na doença de COVID-19, a maioria dos tópicos será aplicada a qualquer implementação do GNU Health.
 

Pessoas antes de pacientes: demografia e infraestrutura de saúde

Informação é poder. Dados de boa qualidade e oportunos são cruciais para combater a pandemia do COVID-19. O GNU Health foi desenvolvido para a medicina social . Ou seja, em vez de lidar diretamente com os pacientes, o GNU Health trabalha primeiro nos principais pilares de uma sociedade. Como resultado, o governo terá melhores ferramentas para promoção da saúde e prevenção de doenças. O governo estará melhor preparado para combater esta pandemia e futuros surtos.
Unidades Domiciliares : DU são casas, apartamentos e edifícios onde as pessoas vivem. O modelo GNU Health DU armazena a infraestrutura, as condições sanitárias e as pessoas que moram em qualquer momento na casa, em tempo real . Esse recurso é essencial para rastrear possíveis contatos de um indivíduo infectado. Além disso, a infraestrutura, a superfície e o número de cómodos fornecem grandes informações em termos de possíveis condições de superlotação que facilitariam a propagação da doença. Cada unidade domiciliar pode ser georreferenciada , graças ao link GNU Health OpenStreetMap .
Unidade Domiciliar em GNU Health: membros e sua geolocalização vinculada à OMS
Áreas operacionais : O GNU Health pode dividir um país em áreas e setores administrativos (províncias, cidades, bairros, etc.) compostos por unidades domiciliares e instituições de saúde.  O GNU Health pode fazer relatórios epidemiológicos em tempo real com base nesses setores. A compreensão desse conceito é fundamental para os programas de contenção ou mitigação do COVID-19, pois seria capaz de identificar surtos iniciais em novas áreas ou focar em sessões de incidência relevante. As áreas e setores operacionais permitem-nos encontrar correlações de muitos indicadores (etnia, sexo, idade, rendimentos, escolaridade, densidade populacional) na incidência, prevalência, susceptibilidade à infecção ou progressão da doença no COVID-19.  
Instituições de saúde : o GNU Health pode acompanhar e gerenciar as instituições de saúde em todo o país. Recursos humanos, gestão financeira e de “stocks”, farmácias e laboratórios. No contexto da pandemia do COVID-19, é possível fazer relatórios sobre os níveis de ocupação dessas instituições, número de leitos, salas de operações, dispositivos como ventiladores, número de profissionais de saúde e suas especialidades, incidência, prevalência e mortalidade por instituição, tempo médio de internação e muitos outros estudos. Obviamente, você precisa ter as instituições criadas. 
Modelo de instituição GNU Health

Profissionais de saúde : em crises como o COVID-19, GNU Health, o Ministério da Saúde conhece cada profissional de saúde, as suas especialidades, a instituição de saúde onde trabalha e onde estão localizados (setores operacionais). O tempo é precioso e manter as informações atualizadas dos profissionais permitirá uma rápida atribuição.
Dados demográficos da pessoa : idade, endereço e unidades domiciliares, trabalho e seguro . Verifique se essas informações estão armazenadas. A idade é um fator nesta epidemia, pois o COVID-19 é particularmente pernicioso para a população idosa . A profissão da pessoa também é importante. Por exemplo, os profissionais de saúde são o grupo mais alto infectado. A demografia também ajudará a identificar pessoas sem cobertura de saúde, desempregados, sem-abrigo e outros grupos desfavorecidos que são particularmente vulneráveis. 
Amostra de pirâmide populacional GH

GH eval, extrato de relstório dx

Contatos pessoais : Para cada pessoa, o GNU Health regista seus contatos e relações (trabalho, colegas de classe, amigos, colegas de classe). No cenário de um caso positivo para COVID-19, essas informações permitiriam chamar o paciente de contatos próximos. É essencial ter essas informações atualizadas. Lembre-se de preencher todos os mecanismos de contacto possíveis para cada pessoa (e-mail, telefone celular, telegrama,…). Rastrear e entrar em contacto com a pessoa que mantém contatos próximos é vital.
ID Universal da Pessoa : Esse é um recurso essencial do GNU Health, especialmente no contexto da Federação de Saúde GNU. O ID exclusivo da pessoa (conta da federação) seria válido não apenas para a região ou país, mas para todo o mundo. As informações clínicas podem estar disponíveis e atualizadas em qualquer instituição de saúde do país ou região, imediatamente disponível para o restante.

Triagem

A Organização Mundial da Saúde (OMS) continua dizendo "teste, teste, teste" a população. Quanto mais cedo testamos a população, melhor podemos controlar a propagação da doença na comunidade. Grupos populacionais especiais, como profissionais de saúde, idosos ou pessoas com condições de saúde existentes devem ter prioridade.
Existem testes rápidos no local de atendimento disponíveis em muitos países que podem fornecer os resultados em menos de 30 minutos. Alguns deles cerca de 10 minutos. No GNU Health, você pode usar o tipo de teste de laboratório para anticorpos SARS-CoV-2.
As estações de trabalho GNU Health podem ser implantadas nas estações de teste móveis e enviar as informações em tempo real ao Ministério da Saúde, com o resultado assinado e validado.


 
Se a pessoa testou positivo para anticorpos IgM , significa que ela está no estágio inicial da infecção. Os anticorpos IgG se acumulam mais tarde na infecção e fazem parte da "memória imunológica". Se a IgM for positiva, você deve atualizar as condições de saúde, incluir o código ICD10 a seguir e ativar o protocolo COVID-19 para isolamento do paciente e rastreamento de contatos.
O código ICD10 para COVID-19 é U07.1
U07.1: doença respiratória aguda 2019-nCoV COVID-19: Na GNU Health, a condição U07.1 (COVID-19) pertence aos grupos de doenças infecciosas, respiratórias e notificáveis .
Indique o tipo de teste de laboratório e a ordem na condição relacionada.
Amostra de ecrã do paciente GNU Health, incluindo informações críticas relacionadas com a doença de COVID-19
 

Gestão clínica

Se o paciente for testado positivo, mas for clínico assintomático ou leve, ele poderá ser enviado para casa para atendimento domiciliar. Por favor, verifique naquele momento se a Unidade Domiciliar atende aos requisitos (ventilação, número de cómodos, número de pessoas na casa,…).
Se a pessoa tiver testado positivo e/ou apresentar sinais que justifiquem sua hospitalização, interne-a na unidade de saúde e atribua-lhe uma cama na enfermaria apropriada. Um novo prontuário será criado, com o correspondente médico responsável, plano de tratamento e nutrição. Ao admitir um paciente que sofre de COVID-19, é importante inserir seu código ( U07.1: 2019-nCoV doença respiratória aguda COVID-19 ) como o motivo da admissão e alta. Isso será muito valioso para estatísticas.
Histórico Médico: O histórico médico do paciente está pronto no GNU Health, a partir de todas as avaliações dos pacientes nas diferentes instituições de saúde. No contexto do COVID-19, essas informações são essenciais, especialmente para pessoas com condições crónicas de saúde, como doenças cardiovasculares ou diabetes . A medicação atual e passada também é armazenada no GNU Health, além de cirurgias.
Arredondamentos: Para cada arredondamento, insira os sinais vitais , a medicação fornecida , avalie o ambiente e os “Seis P” e registe todos os procedimentos realizados
no próprio arredondamento. Além disso, se o paciente estiver na Unidade de Terapia Intensiva.
Os sinais vitais podem ser tomados em diferentes contextos. Eles podem ser avaliados em uma avaliação ambulatorial, arredondamento de enfermeiros de internação ou ambiente de UTI.
Unidade de Terapia Intensiva : Se a progressão da doença ameaçar a vida, o paciente será internado na Unidade de Terapia Intensiva. O GNU Health possui um módulo de Unidade de Terapia Intensiva. Após registar as principais informações do arredondamento, vá para a guia “UTI” para obter uma avaliação detalhada do paciente nesta unidade. Pontuações como Glasgow Coma Scale e Apache II estão disponíveis. Para cada arredondamento na UTI, o profissional de saúde deve registar as informações básicas e um RoS detalhado. O GNU Health permite inserir informações de ECG e a cópia da faixa de ECG por arredondamento, se necessário.
Uma percentagem de pacientes hospitalizados pelo COVID-19 precisará de ventilação mecânica. O GNU Health regista o tipo e a duração da intubação , por paciente em cada instituição. Esta informação é muito valiosa tanto para a gestão clínica quanto para as estatísticas. Hoje, a maioria dos países enfrenta a escassez de ventiladores mecânicos. O GNU Health permite conhecer a incidência de hospitalizações por COVID-19, bem como a taxa de alta.

Exames médicos e exames laboratoriais

Os achados radiológicos de muitos pacientes com COVID-19 são compatíveis com pneumonia atípica. Opacidades entremeadas, especialmente nas bases, são achados comuns. Muitas pessoas com doenças leves não apresentam sinais radiológicos.
O GNU Health fornece diferentes tipos de testes de Dx. Imagens e observações são registadas no sistema e vinculadas ao histórico do paciente. Além do pacote padrão de radiologia de saúde GNU, o módulo de Terapia Intensiva também permite adicionar imagens de raio X em cada arredondamento para avaliar e comparar a progressão da doença.
Para imagens e estudos grandes, como ressonância magnética ou tomografia computorizada, recomendamos o pacote GNU Health Orthanc . Orthanc é um fantástico servidor Libre DICOM e o GNU Health pode interoperar com ele, graças à magia da filosofia do Software Livre. 
Radiologia da GNU Health. Achados compatíveis com pneumonia atípica num paciente COVID-19

Além dos tipos de teste de laboratório padrão (hemograma, função renal e hepática ...), existem marcadores que podem prever a progressão e a gravidade do COVID-19. Por exemplo, altos níveis de ferritina, baixo número de plaquetas e alta VHS são comuns em pacientes que desenvolvem doenças graves e a síndrome da tempestade de citocinas.
GNU Health LIMS exibindo uma amostra completa de hemograma
 
Todos os resultados dos testes de laboratório podem ser exportados para diferentes formatos. No contexto da GNU Health Federation, um novo POL (Página da Vida) é criado e as informações podem ser trocadas diretamente no formato JSON. As figuras a seguir mostram o mesmo relatório de teste de laboratório no formato PDF e JSON do servidor de mensagens da GNU Health Federation (“Thalamus”) 

 

Além dos testes realizados em pacientes hospitalizados, lembre-se de que o pacote GNU Health LIMS pode ser usado na triagem diagnóstica e populacional, como no caso de PCR e testes rápidos.

Certificados de Óbito

O atestado de óbito é um documento fundamental, pois possui significado legal, administrativo, demográfico e epidemiológico.
A seguir, é apresentado um exemplo de como podemos usar o Sistema de Registo Vital de Saúde GNU para gerar um atestado de óbito associado à doença de COVID-19.

A assinatura digital do certificado digital com o profissional de saúde e/ou o oficial civil fará dele um documento legal. O GNU Health usa o GNUPG (GNU Privacy Guard) para assinar e criptografar digitalmente os documentos. 
Secção de assinatura digital da certidão de óbito
 

Pesquisa

Embora o sistema respiratório seja o mais afetado em pacientes com COVID-19, outros órgãos podem ser afetados. O receptor ACE2 (ponto de entrada da célula para SARS-CoV-2) é expresso noutros tecidos além dos pulmões, como cólon e coração. Não é de surpreender que tenham sido relatados sintomas gastrointestinais e envolvimento cardíaco, como miocardite aguda. Registar todas as descobertas ajudará a melhorar o manejo da doença do paciente, mas também a compartilhar informações com colegas da comunidade científica.
Compartilhar os tratamentos dos pacientes e os resultados individuais ajudará a acelerar os ensaios clínicos e a resposta a possíveis agentes terapêuticos (por exemplo, remdesivir, lopinavir / ritonavir, hidroxicloroquina, tocilizumabe ...) 
A Federação de Saúde GNU conecta milhares de nós de instituições de saúde e pesquisa.
 
Para conseguir tais avanços na ciência e em nossa sociedade, precisamos que nossos políticos e governos adotem a ciência aberta, dados abertos e software Libre.

Uma chamada para Open Science, Open Data e Libre Software

A atual pandemia do COVID-19 é uma terrível tragédia para a humanidade, mas abre uma oportunidade de cooperação, de união de forças e de nossa resiliência inata. Existem muitas áreas cinzentas e muitas incertezas na origem do vírus, progressão da doença e abordagens terapêuticas. . Por outro lado, a Federação de Saúde GNU permite que a comunidade científica se reúna e enfrente essa fera. Podemos compartilhar com segurança uma quantidade enorme e anónima de informações de todo o mundo para encontrar não apenas a base molecular da doença COVID-19, mas também fatores ambientais e sociais que afetam a suscetibilidade e a progressão da doença.
Estou voltando do Japão, onde fui convidado para dar uma palestra no Centro de Inovação Médica (MIC) da universidade de Kyoto. Foi uma honra compartilhar ideias com estudantes e profissionais de uma instituição líder em biologia molecular e biomedicina. Embora eu tenha falado sobre o GNU Health na pesquisa de câncer, a minha apresentação focou-se na importância da informática da Libre Health, ciência aberta, dados abertos em Saúde Pública . Foi surpreendentemente empolgante o grande nível de envolvimento do público nestes tópicos.
Uma infraestrutura de saúde pública robusta e sustentável deve ser baseada em cooperação. A cooperação envolve conhecimento aberto e ciência aberta. Estou convencido que a verdadeira evolução vem da cooperação e não da competição. Nesse sentido, nós, como membros da comunidade científica, devemos compartilhar o nosso trabalho, seja um código-fonte de um programa de computador, a descoberta de uma variante natural de proteína ou o desenvolvimento de uma nova molécula terapêutica.
O GNU Health usa a licença GPL (General Public License), que permite transferir o programa, estudar o código-fonte, adaptá-lo às necessidades do seu centro e compartilhá-lo com a comunidade.
Lembre-se de que o software livre não apenas oferece a liberdade coletiva, mas é a única maneira de obter privacidade nos serviços de saúde. Os programas proprietários e não-livres são caixas pretas que comprometem a privacidade pessoal e as informações de saúde pública. Além disso, o uso de software proprietário em Saúde Pública é uma contradição obscena.
Para alcançar a liberdade coletiva, cada componente deve ser gratuito/gratuito. Ou seja, os sistemas operativos (para servidores e clientes), bem como os aplicativos em redor. Precisamos de compartilhar informações entre colegas de todo o mundo, para que o formato que usamos nos arquivos correspondentes também esteja aberto.
Enquanto isso, fique seguro. Fique em casa!

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